Situată în arealul municipiului Botoşani, pe strada Ştefan cel Mare nr. 41, mănăstirea de călugări Popăuţi are o biserică de mari dimensiuni pentru vremea în care a fost construită, fiind o ctitorie din anul 1496 a domnului Moldovei, Ştefan cel Mare. Biserica “Sfântul Nicolae”-Popăuţi, are 24 m lungime şi 9,80 m lăţime, şi a fost sfinţită la 30 septembrie 1496 ca biserică de mir. Zidită din piatră, în stil moldovenesc, ea are pereţii groşi de circa un metru, fiind supusă mai multor modificări în decursul secolului 16. Uşa de intrare în biserică, precum şi cele două ferestre ale naosului, sunt prevăzute cu ancadramente gotice. La exterior, biserica are faţadele din cărămidă roşie, prevăzute cu două rânduri de ocniţe în dreptul pronaosului – cele existente în partea inferioară fiind mai mari, iar cele din partea superioară, mai mici. Deasupra ocniţelor mari sunt mai multe ochiuri mici în care se află discuri de ceramică smălţuită. Partea inferioară a faţadei este acoperită cu piatră fasonată, dispusă geometric, iar sub cornişă se află un brâu de discuri ceramice colorate. Deasupra naosului există o turlă de formă poligonală la exterior şi cilindrică în interior. Pereţii interiori păstreazã fragmente de picturi datând din secolul 16 şi picturi refăcute în secolul 19. În apropierea bisericii există un turn-clopotniţã, înalt de 17 m, zidit în anul 1496 şi reparat în anii 1752 şi 1899-1906, precum şi vechea clădire a casei egumeneşti, în care a fost instalată, nu de mult, secţia de boli contagioase a spitalului judeţean “Mavromati”. Pe lângă biserica “Sfântul Nicolae”-Popăuţi a fost întemeiată o mănăstire de călugări, în anii 1750-1751, perioadă în care a fost construit şi zidul de incintă. În 1753, la această mănăstire s-au stabilit mai mulţi călugări greci. De-a lungul timpului, o serie de domni ai Moldovei, printre care Constantin Racoviţă-Cehan (1749-1757, cu întreruperi), Grigore III Ghica (1764-1777, cu întreruperi), Alexandru Moruzi (1792-1807, cu întreruperi) ş.a. au înzestrat această mănăstire cu moşii, iazuri, vii, livezi ş.a. O dată cu pierderea averilor, ca urmare a aplicării Legii secularizării averilor mănăstireşti din 17/29 decembrie 1863, mănăstirea Popăuţi a încetat să mai funcţioneze, biserica redevenind biserică de mir, fapt care a atras după sine şi degradarea treptată a bisericii. În anul 1868, casa stăreţiei şi chiliile au fost cedate armatei, iar în 1870, livada cu pomi fructiferi a fost preluată de Compania Căilor Ferate Române. La 12 mai 1897, jumătatea superioară a catapetesmei s-a prăbuşit şi, ca urmare, biserica a fost închisă la 15 iulie 1897. Cu toate acestea, în acelaşi an (1897), biserica “Sfântul Nicolae” – Popăuţi a fost declarată monument istoric, Regatul României intervenind, prin Comisiunea Monumentelor Istorice, pentru executarea unor ample lucrări de restaurare şi renovare, care au fost executate în perioada 1899-1906, biserica urmând sã funcţioneze ca biserică de mir. În anul 1991, mitropolitul Moldovei din acea perioadă, Daniel Ciobotea (devenit Patriarhul Bisericii Ortodoxe Române în anul 2007) a reînfiinţat mănăstirea Popăuţi, călugării fiind aduşi în anul 1996. În cadrul ansamblului monahal, în perioada iunie-noiembrie 2002, a fost construită o nouă biserică, cu hramul “Acoperământul Maicii Domnului” (33,50 m lungime, 8,50 m lăţime la abside şi 19 m înălţime), şi un corp de chilii.
